按照学校第十四次党代会确立的建设轨道交通特色鲜明的综合性研究型一流大学目标要求，学校于2015年7月在原科学技术处的基础上成立了科学技术发展研究院（简称科研院）。

2022年1月，学校对理工生医学科科技组织管理体系进行优化重组，构建了“一室+四部+五院”的大科技组织管理体系。成立“五院”：川藏铁路研究院、先进技术与装备研究院、技术转移研究院、前沿科学研究院、未来技术研究院，将科研院内设机构调整为“一室四部”：综合规划办公室、基础研究管理部、平台基地管理部、重大项目管理部、科技成果管理部。另有西南交通大学可持续交通研究中心、城市轨道交通研究院、汽车研究院3个虚体机构及知识产权办公室挂靠科研院。

科研院是负责学校理工和生医学科科研工作的组织协调、归口管理部门，是推动学校科学研究和科技创新发展的职能部门，主要职责包括：学校科技发展规划与科研政策的研究与制定；基础研究的规划与管理；科研平台的建设与管理；各类科研项目的策划组织与全过程管理；科技成果、产学研的规划管理以及成果转化有关政策的研究制定。

面对世界科技发展新挑战与国家科技体制改革新局面，科研院秉承管理即服务的理念，践行奉献、开拓与互信的品质，恪守全天候、无边界、高时效的理念， 努力提供一流科研服务，与全体师生、校友、科技工作者、以及广大海内外朋友携手合作，共创辉煌。